(1) Изпълнителният директор на агенцията е орган на изпълнителната власт, който се назначава от министъра на транспорта и съобщенията съгласувано с министър-председателя.
(2) Изпълнителният директор ръководи и представлява агенцията.
(3) Изпълнителният директор осъществява правомощията на орган по назначаването на държавните служители от агенцията, сключва трудовите договори със служителите от агенцията и утвърждава длъжностното разписание на агенцията.
(4) Функциите на изпълнителния директор в негово отсъствие се изпълняват от определен от него с писмена заповед служител на агенцията.