(1)(Изм. - ДВ, бр. 62 от 2007 г., в сила от 19.07.2007 г.) Контролът за изпълнението на фонда се осъществява от Сметната палата, от Министерството на финансите и от Министерството на земеделието, горите и аграрната реформа, а на ведомствено равнище се организира и осъществява от Държавната агенция по горите, от неговите органи и поделения.
(2)(Изм. - ДВ, бр. 62 от 2007 г., в сила от 19.07.2007 г.) Държавната агенция по горите определя правомощията на своите органи и поделения по контрола за изпълнението на фонда.