Оперативното ръководство и контрол на взаимодействието се осъществява:
- 1. за главните дирекции на МВР и Централното управление на НАП (ЦУ на НАП) от: а) главния секретар на МВР и директорите на главните дирекции на МВР или от оправомощени от тях лица; б) изпълнителния директор на НАП или оправомощени от него лица;
- 2. за Столичната дирекция на МВР/областните дирекции на МВР (СДВР/ОДМВР), регионалните дирекции „Гранична полиция“ (РДГП) и териториалните структури на НАП от: а) директорите на СДВР/ОДМВР и РДГП или от оправомощени от тях лица; б) директорите на съответните териториални дирекции на НАП или от оправомощени от тях лица;
- 3. за дирекция „Миграция“ и специализираните административни дирекции „Комуникационни и информационни системи“ (ДКИС) и „Планиране и управление на бюджета“ (ДПУБ) на МВР – от директора на съответната дирекция или от оправомощени от него лица.