(1) Структурата на центъра се утвърждава от директора и е организирана в дирекции и отдели.
(2)(Изм. - ДВ, бр. 82 от 2019 г.) В центъра функционират 6 дирекции и 5 самостоятелни отдела, както следва:
- 1. дирекция "Обществено здраве и здравен риск";
- 2. дирекция "Аналитични и лабораторни дейности";
- 3. дирекция "Промоция на здраве и превенция на болестите";
- 4.(нова - ДВ, бр. 82 от 2019 г.) дирекция "Психично здраве и превенция на зависимостите";
- 5.(предишна т. 4 - ДВ, бр. 82 от 2019 г.) дирекция "Национални здравни данни и електронно здравеопазване";
- 6.(предишна т. 5 - ДВ, бр. 82 от 2019 г.) дирекция "Класификационни системи, стандарти и иновации";
- 7.(предишна т. 6 - ДВ, бр. 82 от 2019 г.) отдел "Финансово-счетоводен и човешки ресурси";
- 8.(предишна т. 7 - ДВ, бр. 82 от 2019 г.) отдел "Правна помощ и обществени поръчки";
- 9.(предишна т. 8 - ДВ, бр. 82 от 2019 г.) отдел "Информационно обслужване и връзки с обществеността";
- 10.(предишна т. 9 - ДВ, бр. 82 от 2019 г.) отдел "Управление и поддържане на собствеността";
- 11.(предишна т. 10 - ДВ, бр. 82 от 2019 г.) отдел "Деловодство и секретариат".
(3) При необходимост към дирекциите могат да се създават отдели и други звена.
(4) Разпределението на функциите и дейностите между дирекциите и отделите се определя във функционалните характеристики на отделните структурни звена, които са част от вътрешните правила на центъра.