(Изм. - ДВ, бр. 41 от 2001 г.) Териториалната компетентност на Изпълнителната агенция "Морска администрация" се разпростира върху:
- 1.(изм. - ДВ, бр. 113 от 2002 г.) вътрешните морски води;
- 2.(изм. - ДВ, бр. 113 от 2002 г.) териториалното море;
- 3.(нова - ДВ, бр. 113 от 2002 г.) българския участък на река Дунав;
- 4.(предишна т. 3 - ДВ, бр. 113 от 2002 г.) сухоземната крайбрежна ивица, имаща широчина 100 метра, отчитана от линията на най-големия отлив. Там, където има селища или височина, отстояща на по-малко от 100 метра от линията на най-големия отлив, границите на крайбрежната ивица съвпадат с чертите на селището от страна на морето или с върха на височината;
- 5.(нова - ДВ, бр. 113 от 2002 г.) сухоземната крайбрежна ивица на разстояние 100 м, мерено от линията, където водната повърхност на река Дунав пресича сушата на българския участък при най-ниски водни стоежи;
- 6.(нова - ДВ, бр. 71 от 2008 г.) територията на пристанищата, включително зоните по чл. 103, ал. 6 от Закона за морските пространства, вътрешните водни пътища и пристанищата на Република България, с изключение на военните пристанища;
- 7.(нова - ДВ, бр. 92 от 2011 г.) изключителната икономическа зона на Република България;
- 8.(нова - ДВ, бр. 92 от 2011 г.) българския морски отговорен район за търсене и спасяване;
- 9.(нова - ДВ, бр. 92 от 2011 г.) реки, които се използват за корабоплаване и се вливат в Черно море.