Съветът подпомага министъра на околната среда и водите в следните основни направления в областта на биологичното разнообразие в национален и международен аспект:
- 1. разработване и провеждане на национална стратегия и политика;
- 2. определяне на приоритети, разработване и изпълнение на планови документи за прилагане на стратегията и политиките по т. 1 в областта на: а) развитие и управление на мрежата от защитени територии; б) изграждане и управление на мрежата от защитени зони (Натура 2000); в) планове за управление за защитените територии и зони; г) планове за действие за видове; д) устойчиво ползване на биологични ресурси;
- 3. усъвършенстване и прилагане на нормативната уредба;
- 4. интегриране опазването на биологичното разнообразие в отрасловите политики и програми;
- 5. координация между институциите и организациите;
- 6. приемане на национален списък на защитените зони и промени в защитените зони по чл. 10, ал. 1 и чл. 16, ал. 2 от Закона за биологичното разнообразие;
- 7. приемане на планове за действие за растителни и животински видове по чл. 56, ал. 1 от ЗБР;
- 8. приемане на планове за управление на защитени зони;
- 9. вземане на решения по искания за въвеждане в природата или внос с цел развъждане и отглеждане на неместни видове по чл. 67, ал. 2 от Закона за биологичното разнообразие;
- 10. вземане на решения по предложения за извършване на санитарни дейности в резервати съгласно чл. 17, ал. 4 от Закона за защитените територии;
- 11. проследява и обсъжда напредъка в управлението на мрежата Натура 2000;
- 12. прави предложения и дава становища по искане на министъра на околната среда и водите за промени в нормативната уредба за управление на мрежата;
- 13. дава становища в процеса на разработване, приемане и одобряване от министъра на околната среда и водите на стратегически документи по управление на мрежата Натура 2000, както и стратегически документи, свързани с типовете природни местообитания и видовете, предмет на опазване в защитените зони;
- 14. прави предложения за по-ефикасно и по-ефективно прилагане на политиките по Натура 2000;
- 15. други основни въпроси и проблеми по опазване на биологичното разнообразие или задачи, произтичащи от нормативен акт.