Ръководството на ОКИ "Музей за история на София" се осъществява:
- 1. от кмета на Столична община - административно-организационно;
- 2. от Министерство на културата - методически;
- 3. от БАН и съответните ведомствени и научноизследователски институти и учреждения - в научноизследователската дейност.