Специализираната администрация е организирана в три дирекции:
- 1. дирекция "Законодателство и методология";
- 2. дирекция "Контрол на обществените поръчки";
- 3.(изм. - ДВ, бр. 17 от 2019 г., в сила от 01.03.2019 г.) дирекция "Електронно възлагане и мониторинг".