Специализираната администрация е организирана в 4 дирекции:
- 1. дирекция "Политики и анализи";
- 2. дирекция "Инструменти за икономически растеж";
- 3. дирекция "Насърчителни мерки и проекти";
- 4. Главна дирекция "Европейски фондове за конкурентоспособност".