(1)(Изм. - ДВ, бр. 14 от 2014 г., в сила от 18.02.2014 г., изм. - ДВ, бр. 67 от 2016 г., в сила от 26.08.2016 г.) Председателят на ДАМТН със заповед утвърждава структурата на административните звена, включително създаването, преобразуването и закриването на отдели и сектори в дирекциите и в главните дирекции, както и длъжностното разписание на агенцията.
(2)(Доп. - ДВ, бр. 67 от 2016 г., в сила от 26.08.2016 г.) Председателят на ДАМТН със заповед определя обхвата на териториалните звена на главните дирекции при спазване разпоредбите на § 6 от преходните и заключителните разпоредби на Закона за административно-териториалното устройство на Република България и чл. 152 от Закона за водите.
(3)(Нова - ДВ, бр. 86 от 2015 г., в сила от 01.01.2016 г., отм. - ДВ, бр. 67 от 2016 г., в сила от 26.08.2016 г.)