Музеят се финансира от:
- 1. бюджета на Столична община;
- 2. целеви средства от държавния бюджет;
- 3. реализирани собствени приходи, събрани държавни такси за извършване на услуги, и за издаване на документи и дубликати, спонсорство, дарения, завещания от български и чуждестранни физически и юридически лица и др.;
- 4. защитени проекти по международни и национални програми.