(1) Дейността на Министерството се осъществява в единна институционална екосистема с второстепенните разпоредители с бюджет по бюджета на Министерството на иновациите и дигиталната трансформация: Изпълнителна агенция "Инфраструктура на електронното управление" (ИА ИЕУ), Изпълнителна агенция "Европейски фондове за конкурентоспособност" (ИА ЕФК) и Националния иновационен фонд (НИФ), както и с публичните предприятия, в които министърът упражнява правата на държавата, съгласно Разпореждане на Министерския съвет на Република България.
(2) Министърът на иновациите и дигиталната трансформация задава и координира политиките, стандартите и стратегическата посока, а оперативната дейност се осъществява от структурите по ал. 1 на принципа на разделение на функциите по създаване на политики и оперативно изпълнение.