(1) Главният секретар се назначава от управителя на Фонда и осъществява неговото административно ръководство.
(2) Главният секретар ръководи и контролира дирекция "Програмни дейности" за точното спазване на нормативните актове и на законните разпореждания на министъра на иновациите и растежа и на управителя на Фонда, като:
- 1. отговаря за планирането и отчетността при изпълнение на ежегодните цели на администрацията;
- 2. организира, ръководи, координира, контролира, отчита се и носи отговорност пред управителя на Фонда за дейността и за изпълнението на задачите на администрацията;
- 3. организира разпределянето на задачите за изпълнение;
- 4. създава условия за нормална и ефективна работа на администрацията на Фонда;
- 5. осъществява контрол за изпълнението на възложените задачи;
- 6. организира работата с предложенията и сигналите в съответствие с разпоредбите на глава осма от Административнопроцесуалния кодекс.
(3) Управителят на Фонда може с писмена заповед да възложи и други функции и задачи на главния секретар.