(1) Финансовото осигуряване на Службата се осъществява по общия ред, утвърден за Министерството на отбраната, като ежегодно на Службата се утвърждава бюджет. Разходите се извършват чрез бюджетна субсидия от бюджета на Министерството на отбраната.
(2) Предоставянето на бюджетни средства за изпълнение на специфичните цели на Службата и начинът на организация на тяхното вътрешноведомствено администриране, разходване, отчитане и контрол се определят с акт на министъра на отбраната по предложение на директора на Службата.