Дейността на НЗОСО е организирана в следните функционални направления:
- 1. оценяване, проучвания, анализи с насоченост към: планиране, организиране, провеждане на оценяване, изпити, проучвания; анализи; създаване и поддържане на банка от изпитни задачи и материали; обучение в областта на оценяването; консултации; подготвяне и разпространяване на материали в помощ на оценяването;
- 2. работа по международни проекти: изпълнение на конкретните задачи, поставени от ръководителите на международните проекти и съгласувани с МОН, при спазване на изискванията по съответните проекти; провеждане на анализи върху данните от проектите;
- 3. административно и финансово осигуряване: деловодство, финансова и счетоводна отчетност, поддържане на техниката, поддържане на сградния фонд, информационна система, архив.