Управлението на тарифните квоти се извършва от митническите учреждения в състава на Агенция "Митници", както следва:
- 1. от териториалните митнически управления, митническите бюра и митническите пунктове - по отношение на приемане на искания за ползване на тарифна квота, извършване на документен контрол и проверка на стоките;
- 2. от Централното митническо управление - по отношение на решенията за ползване на тарифна квота, приспадането на количествата и спазването на баланса за всяка тарифна квота.