Данните от ИИС се използват за:
- 1. наблюдение и контрол на регистрация на ОЕЗ и идентификацията на животните на територията на страната;
- 2. проследяване на целия жизнен цикъл на животните;
- 3. контрола по здравеопазване при отглеждане на животни;
- 4. контрола на ветеринарномедицинската практика;
- 5. изготвяне на справки и отчети;
- 6. предоставяне на обобщена информация на ЕС;
- 7. предоставяне на информация на Държавен фонд "Земеделие";
- 8. предоставяне на информация за животни и животновъдни обекти и техните собственици или лицата, които отглеждат животни, във връзка с проверки от компетентните органи;
- 9. контрол и обслужване на управленските и технологичните процеси в БАБХ и нейните структури и всички лица и обекти, свързани с провеждане на дейности по ЗВД;
- 10. графично изобразяване на обекти и събития, свързани със заразни болести, взети проби, обявени санитарни кордони и други, върху картата на Република България и пограничните райони на съседните на България държави.