(1) Музеят формира основен, обменен, научно-спомагателен фонд и научен архив, които включват:
- 1. за основния фонд - придобитите от музея и предоставените му за безвъзмездно ползване движими културни ценности с изключително голямо научно и културно значение - национално богатство, както и тези, които съответстват на неговия тематичен обхват;
- 2. за обменния фонд - движими културни ценности, които не съответстват на тематичния му обхват, както и многократно повтарящите се културни ценности от основния му фонд;
- 3. за научно-спомагателния фонд - предмети и други материали от значение за изследователската, експозиционната и образователната дейност на музея;
- 4. за научния архив: а) документите по издирването, идентифицирането, изследването, съхраняването, консервацията, реставрацията, движението и представянето на движимите културни ценности; б) отчетните документи за движимите културни ценности, съхранявани постоянно или временно: документи за произход, за постъпване или придобиване от музея, оценителни протоколи, инвентарни книги и др.; в) документите за извършените теренни археологически проучвания; г) научната и справочната документация: научни паспорти и картотеки.
(2) Научният архив се съхранява безсрочно в музея.