(1) Ръководството на Авиоотряд 28 се осъществява от генерален директор, който се назначава и освобождава от министъра на транспорта, информационните технологии и съобщенията след съгласуване с министър-председателя.
(2) Функциите на генералния директор в негово отсъствие се изпълняват от определен от него с писмена заповед директор на дирекция.
(3) В своята дейност генералният директор се подпомага от администрация, организирана в дирекции.
(4) В рамките на утвърдената численост на персонала генералният директор определя и утвърждава структурата на Авиоотряд 28.