Специализираната администрация подпомага и осигурява осъществяването на правомощията на управителния съвет и директора на центъра, като:
- 1. обслужва дейността и изпълнява решенията на органите за управление на центъра и дейността на експертните комисии;
- 2. събира информация и поддържа информационна база от данни, свързани с дейностите по оценяване на проектите;
- 3. консултира институциите в системата на висшето образование при изготвянето на проектите, с които кандидатстват;
- 4. организира обучение на представители на висшите училища за условията за участие и разработване на проектите от висшите училища;
- 5. приема и насочва проектите на висшите училища към съответната експертна комисия;
- 6. осъществява постоянно наблюдение и контрол върху изпълнението на приетите за финансиране проекти;
- 7. изготвя анализи и отчети за дейността на центъра и осъществения контрол по приетите за финансиране проекти;
- 8. осигурява условията за работа на експертните комисии и рецензентите за оценка на проектите;
- 9. изработва становища за управителния съвет относно финансирането на проекти и програми в зависимост от дадените от експертните комисии препоръки.