Атестирането се извършва въз основа на следните показатели:
- 1. професионална квалификация и управленски умения, които включват оценяване на: професионалното развитие, оперативност, планиране, координиране и контрол на дейността; познаване и ползване на нормативните актове и практическото им прилагане; организация и ефективност на документооборота;
- 2. организация на дейността на центъра, която включва оценяване на: състоянието на човешките ресурси, предприети действия по повишаване квалификацията на служителите, организационни умения, инициативност, умения за поставяне на цели и анализиране на резултати; състояние на информационната инфраструктура; умения по ефективно текущо поддържане и стопанисване на имуществото, борба с корупцията, умения за работа в екип;
- 3. обем, качество и ефективност на дейността на центъра, които включват оценяване на: дейността по секции, лабораторни звена и отдели, както и ефективността на взаимодействието с контролни органи, други държавни и общински органи и неправителствени организации, финансовата политика, своевременност, точност и изчерпателност на анализите и отчетите, представяни в Министерството на здравеопазването; получените сигнали и жалби, свързани с дейността на центъра; медийната политика.