(1) Структурата на центъра се утвърждава от директора и е организирана в специализирани отдели в съответствие с основните направления на дейност в областта на епидемиологията, микробиологията, вирусологията, паразитологията и тропическата медицина, имунологията и алергологията, учебната и организационно-методичната дейност; финансово-счетоводната, административно-стопанската и техническа дейности.
(2) В центъра функционират 7 отдела, както следва:
- 1. отдел "Епидемиология и надзор на заразните болести";
- 2. отдел "Микробиология";
- 3. отдел "Вирусология";
- 4. отдел "Имунология и алергология";
- 5. отдел "Паразитология и тропическа медицина";
- 6. отдел "Финансово-счетоводен";
- 7. отдел "Административно-стопански и снабдителски".
(3) При необходимост към отделите могат да се създават секции и звена.
(4) Разпределението на функциите и дейностите между отделите се определя в техните функционални характеристики, които са част от вътрешните правила на центъра.