Центърът изпълнява следните дейности:
- 1. участва в изпълнението на политиката на Министерството на здравеопазването в областта на опазване на общественото здраве от заразни и паразитни болести, включително и в областта на надзора и контрола на инфекциите, свързани с медицинското обслужване и антимикробната резистентност и изпълнението на Имунизационния календар на Република България;
- 2. оперативно подпомага Министерството на здравеопазването по надзора на заразните болести, ефективната дейност на системите за ранно оповестяване и организиране на отговор, реагиране в случаите на възникване на епидемични взривове и епидемии, поява на нови заразни болести, използване на биологични агенти за причиняване на вреди, опазване на страната от внос и разпространение на инфекции, контрол на инфекциите, свързани с медицинското обслужване и др.;
- 3. изготвя годишни отчети и анализи относно регистрираната инфекциозна и паразитна заболяемост в страната;
- 4. изготвя цялостен анализ за изпълнението на дейностите по имунопрофилактиката в страната и предлага на министъра на здравеопазването мерки за повишаване на имунизационния обхват с ваксини, включени в Имунизационния календар на Република България;
- 5. участва в разработването и предлага проекти на нормативни актове, свързани със заразните и паразитните болести;
- 6. изготвя епидемиологични доклади и прогнози за състоянието и тенденциите на заболяемостта от заразни и паразитни болести, както и програми и методически указания за тяхната профилактика и контрол;
- 7. участва в разработването на профилактични и противоепидемични мерки при възникване на извънредна епидемична обстановка и при епидемично разпространение на дадена заразна болест;
- 8. извършва научнообоснована оценка и анализ на здравния риск за населението и изготвя препоръки за предпазване на страната от внос и разпространение на опасни заразни и паразитни болести;
- 9. изпълнява задачи, като Компетентна национална организация, сътрудничеща на Европейския център за контрол и профилактика на заболяванията (ECDC) и на Световната здравна организация (СЗО) по въпросите на надзора и обучението в областта на заразните болести;
- 10. предоставя консултативна и експертна помощ на РЗИ, лечебните и здравните заведения по предотвратяването, възникването и ликвидирането на епидемични ситуации в страната и цялостна организационно-методична дейност по профилактиката, ранното оповестяване, контрола и надзора на заразните и паразитните болести, инфекциите, свързани с медицинското обслужване, антимикробната резистентност и биотероризма;
- 11. извършва научноизследователска и научно-приложна дейност;
- 12. участва в изготвянето и изпълнението на национални и международни програми, свързани с епидемиологията, диагностиката, лечението и профилактиката на заразните, паразитните, имунните и алергичните заболявания;
- 13. извършва консултативна, научно-експертна и методична дейност, свързана с епидемиологията, етиологичната диагностика, лечението и профилактиката на заразните, паразитните, имунните и алергичните болести и инфекциите, свързани с медицинското обслужване и антимикробната резистентност;
- 14. извършва лабораторна диагностика в областта на микробиологията, вирусологията, паразитологията, имунологията и алергологията;
- 15. провежда външен лабораторен контрол за качеството на дейността на лабораториите, осъществяващи микробиологична, вирусологична, паразитологична и имунологична диагностика в страната;
- 16. разработва, поддържа, валидира и/или верифицира методи за лабораторни анализи, които предоставя за внедряване в лабораториите на РЗИ;
- 17. участва в разработването на програми за обучение на студенти и специализанти и осъществява следдипломно обучение съгласно Наредба № 1 от 2015 г. за придобиване на специалност в системата на здравеопазването (ДВ, бр. 7 от 2015 г.);
- 18. осъществява обучение на български и чуждестранни граждани за получаване на образователна и научна степен "доктор" по научни специалности, получили акредитация по Закона за висшето образование;
- 19. дава консултации, експертни становища и заключения за методите, качеството и ефективността на микробиологичната, вирусологичната, паразитологичната и имунологичната лабораторна диагностика в страната;
- 20. разработва и предоставя на МЗ и РЗИ информационни, методични, научноизследователски и здравнопросветни материали;
- 21. участва в разработването на програми за обучение и квалификация на служители на РЗИ;
- 22. други, произтичащи от нормативен акт или възложени от министъра на здравеопазването.