Центърът е структура на националната система на здравеопазването, която подпомага министъра на здравеопазването при формиране и провеждане на държавната политика в областта на опазването на здравето на гражданите от заразни и паразитни болести и осъществява следните функции:
- 1. научноизследователска, научно-приложна, експертно-консултативна, информационно-аналитична;
- 2. профилактична и противоепидемична;
- 3. диагностична и референтно-експертна дейност;
- 4. обучение на студенти, специализанти и докторанти, следдипломно обучение на медицински и немедицински специалисти в областта на заразните и паразитните болести;
- 5. методическа помощ на регионалните здравни инспекции (РЗИ) и лечебните заведения в областта на профилактиката, диагностиката, надзора и контрола на заразните и паразитни болести, включително и на инфекциите, свързани с медицинското обслужване;
- 6. координиране и изпълнение на национални и международни проекти, планове, програми;
- 7. организиране и провеждане на обучения на служителите на РЗИ.