(1) Директорът заема длъжността въз основа на конкурс, проведен по реда на Кодекса на труда от министъра на здравеопазването. Трудовият договор се сключва с министъра на здравеопазването.
(2) Директор може да бъде лице с образователно-квалификационна степен "магистър" по медицина, хабилитирано в областта на епидемиологията, микробиологията, вирусологията, имунологията или паразитологията с петгодишен професионален опит след придобиването на научната степен.
(3) Дейността на директора се подпомага от трима заместник-директори. Заместник-директорите заемат длъжността въз основа на конкурс, проведен по реда на Кодекса на труда от директора на центъра.
(4) Заместник-директор по научната и заместник-директор по диагностичната и учебната дейност може да бъде лице с образователно-квалификационна степен "магистър" по медицина или биология, хабилитирано в областта на епидемиологията, микробиологията, вирусологията, имунологията или паразитологията с тригодишен професионален опит след придобиването на научната степен.
(5) Заместник-директор по административните въпроси може да бъде лице с образователно-квалификационна степен "магистър" и пет години административен опит.
(6) Директорът делегира със заповед правомощията на заместник-директорите и определя техните функции.