(1) Специализираният отряд за борба с тероризма се ръководи от командир, който:
- 1. осъществява общото и непосредственото ръководство, като ръководи, планира, организира и отговаря за дейността на отряда;
- 2. организира изпълнението на заповедите, поставени от горестоящите му органи;
- 3. отчита се за дейността си на министъра на вътрешните работи и на главния секретар;
- 4. управлява човешките ресурси на СОБТ;
- 5. осъществява оперативното взаимодействие с други структури на МВР;
- 6. организира и отговаря за ползването на автоматизираните информационни фондове, изгражда и управлява неавтоматизираните информационни фондове в СОБТ;
- 7. отговаря за стопанисването на предоставените на СОБТ имоти и вещи – държавна собственост;
- 8. осъществява оперативно взаимодействие с други органи на държавна власт и на местно самоуправление.
(2) В изпълнение на функциите си командирът издава заповеди.
(3) При изпълнение на функциите си командирът може да се подпомага от заместник-командир, който изпълнява функции по управление, възложени му със заповед на командира.