(1) Агенцията се ръководи и представлява от изпълнителен директор.
(2)(Изм. - ДВ, бр. 66 от 2018 г., в сила от 10.08.2018 г., изм. - ДВ, бр. 58 от 2022 г., в сила от 01.08.2022 г.) Договорът с изпълнителния директор се сключва, изменя се и се прекратява от министъра на земеделието след съгласуване с министър-председателя.
(3) Изпълнителният директор осъществява правомощията си пряко и чрез регионалните дирекции по горите и специализираните териториални звена на агенцията.