(1)(Доп. - ДВ, бр. 111 от 2003 г., изм. - ДВ, бр. 48 от 2006 г., в сила от 14.07.2006 г., изм. - ДВ, бр. 76 от 2008 г., в сила от 01.09.2008 г., изм. - ДВ, бр. 9 от 2011 г., в сила от 28.01.2011 г., изм. - ДВ, бр. 48 от 2012 г., в сила от 26.06.2012 г., изм. - ДВ, бр. 103 от 2012 г., в сила от 28.12.2012 г., изм. - ДВ, бр. 91 от 2013 г., в сила от 18.10.2013 г., изм. - ДВ, бр. 29 от 2015 г., в сила от 21.04.2015 г., изм. - ДВ, бр. 46 от 2024 г., в сила от 01.06.2024 г.) Изпълнителният директор осъществява правомощията си с помощта на администрация с обща численост на служителите 142 щатни бройки, разпределени в организационните структури и административните звена на агенцията съгласно приложението.
(2) Според дейностите, които извършва, администрацията е обща и специализирана.
(3)(Изм. - ДВ, бр. 88 от 2001 г., в сила от 15.10.2001 г., изм. - ДВ, бр. 64 от 2003 г., изм. - ДВ, бр. 111 от 2003 г.) Общата администрация осъществява технически дейността на агенцията и е организирана в дирекция "Административно и финансово обслужване".
(4)(Изм. - ДВ, бр. 88 от 2001 г., в сила от 15.10.2001 г., изм. - ДВ, бр. 64 от 2003 г., изм. - ДВ, бр. 48 от 2012 г., в сила от 26.06.2012 г., изм. - ДВ, бр. 29 от 2015 г., в сила от 21.04.2015 г.) Специализираната администрация осъществява основните функции на агенцията и е организирана в Главна дирекция "Сортоизпитване, апробация и семеконтрол" с териториални звена.
(5)(Нова - ДВ, бр. 64 от 2003 г.) Териториалният обхват, седалището и числеността на персонала на звената по ал. 4 се определят от изпълнителния директор.