(1) Структурата на музея се определя в зависимост от тематичния му обхват и формираните фондове и включва звено, пряко подчинено на директора, специализирани направления и обща администрация.
(2) Отдел „Комуникации“ е пряко подчинен на директора на музея и включва:
- 1. сектор „Международни контакти, европейски програми и проекти“;
- 2. сектор „Връзки с медиите и обществеността“;
- 3. сектор „Образователни програми“;
- 4. сектор „Развитие на меценатството, маркетинг и реклама“.
(3) Специализираните направления са:
- 1. направление „Българско изкуство“ със следните звена: а) отдел „Опазване и регистрация на колекциите“; б) отдел „Изследване и представяне на българското изкуство“, включващ: аа) секция „Християнски изкуство“; бб) секция „Българско изкуство – средата на 19 век – средата на 20 век“; вв) секция „Българско изкуство – средата – края на 20 век“; гг) секция „Българско изкуство – 21 век“; дд) сектор „Технически екип – колекции“; в) отдел „Дигитализация на колекциите, информационна система“; г) Лаборатория по консервация и реставрация; д) Фотолаборатория и фотодокументация;
- 2. направление „Чуждестранно изкуство“ със следните звена: а) отдел „Опазване и регистрация на колекциите“; б) отдел „Изследване и представяне на чуждестранното изкуство“, включващ: аа) секция „Европейско изкуство“; бб) секция „Азия, Африка и Латинска Америка“; вв) сектор „Технически екип – колекции“; в) отдел „Печатни издания“; г) отдел „Научни архиви и библиотека“;
- 3. направление „Филиали. Организация експозиции“ със следните звена: a) филиал „Крипта на Храм-паметник „Св. Александър Невски“ – експозиция „Християнско изкуство“; б) филиал „Двореца“; в) филиал „Социалистическо изкуство“; г) филиал за съвременно изкуство „Софийски арсенал“; д) къщи-музеи: „Вера Недкова“, „Никола Танев“, „Иван Лазаров“; е) графичен кабинет, включващ: аа ) секция „Опазване и регистрация на колекциите“; бб) секция „Изследване и представяне на колекциите“; ж) отдел „Дизайн, техническа подготовка и организация на експозиции“; з) отдел „Информация и обслужване на публиката“.
(4) Общата администрация на музея е обособена в направление „Администрация и финанси“ със следните звена:
- 1. отдел „Стопански дейности и финанси“ със следните звена: а) сектор „Бюджет и финансово-счетоводна дейност“; б) сектор „Стопанска дейност“;
- 2. отдел „Административен“ със следните звена: а) сектор „Юридически“; б) сектор „Управление и поддръжка на собствеността“; в) сектор „Обща администрация“.