В Центъра функционират три дирекции:
- 1. дирекция „Административно-стопанско и правно обслужване“;
- 2. дирекция „Национален фокусен център за наркотици и наркомании, проучвания и информация“;
- 3. дирекция „Методологическо ръководство и координация на дейностите за намаляване търсенето на наркотици“.