Органите на управление на предприятието са:
- 1.(изм. - ДВ, бр. 47 от 2022 г., в сила от 24.06.2022 г.) министърът на земеделието;
- 2. председателят на Академията;
- 3. управителният съвет на предприятието;
- 4. директорът.