(1) Автономното управление се изразява във:
- 1. право на Академията да урежда устройството и дейността си в собствени правилници в съответствие със Закона за Селскостопанската академия (ЗСА), ЗРАСРБ, Закона за висшето образование, този правилник и други относими актове;
- 2. самостоятелно определяне на ръководителите на структурните звена, научните съвети, програмни и други съвети, научните колективи, членовете на помощни структурни звена и обединения и други вътрешни структури;
- 3. самостоятелно определяне на научния състав, право за обявяване на конкурси и избор на учени при условия и по ред, определени със ЗРАСРБ;
- 4.(изм. и доп. - ДВ, бр. 101 от 2021 г., в сила от 01.01.2022 г.) автономна система за оценяване и поддържане на качеството на научните изследвания и на обучението;
- 5. самостоятелно определяне на условията и реда за провеждане на приема и формите на обучение на докторанти и специализанти;
- 6. право за формиране на собствен бюджет и самостоятелно определяне на условията и реда за неговото разходване;
- 7. право на самостоятелно сключване на договори с държавни институции, институти от системата на Българската академия на науките, висши училища и университети, научни организации и неправителствени организации, предприятия и други потребители за: предоставяне и ползване от тях на продуктите на научната, научно-приложната, иновативната и стопанската дейност на Академията; извършване на научни и научно-приложни изследвания, проектна и развойна дейност; обучение на докторанти и специализанти;
- 8. право на сдружаване с други научни организации и висши училища у нас и в чужбина за извършване на дейностите, които са свързани с основния предмет на дейност;
- 9. право на изграждане, притежаване и/или ползване на материална база, която е нужна за научноизследователската и образователната дейност, за социално-битово и културно обслужване на членовете на академичната общност и служителите;
- 10. право на самостоятелно организиране и осъществяване на международна дейност и мобилност, сдружаване и членуване в международни организации;
- 11. право да извършва производствена, търговска и друга дейност, която е свързана с основната дейност на научните звена на Академията, друга дейност, подпомагаща дейността на Академията, и реализиране на продуктите от тази дейност, както и на продуктите и правата, които са обект на интелектуална собственост.
(2) Функциите и структурата на системата за оценяване и поддържане на качеството на научните изследвания и обучението на академичния състав се уреждат в правилник, който е приет от управителния съвет.