(1)(Изм. - ДВ, бр. 58 от 2017 г., в сила от 18.07.2017 г., изм. - ДВ, бр. 102 от 2022 г., в сила от 01.01.2023 г., изм. - ДВ, бр. 102 от 2023 г.) Българската агенция по безопасност на храните се ръководи и представлява от изпълнителен директор, който се назначава от министър-председателя по предложение на министъра на земеделието и храните.
(2) За изпълнителен директор се назначава лице с висше образование, с образователно-квалификационна степен "магистър", с професионален опит в област, свързана с дейността на БАБХ, и/или професионален опит на ръководна длъжност.
(3) Изпълнителният директор назначава и освобождава служителите в БАБХ.