(1) Агенцията се ръководи и представлява от изпълнителен директор, който се назначава от министъра на регионалното развитие и благоустройството съгласувано с министър-председателя.
(2) Изпълнителният директор на Агенцията е второстепенен разпоредител с бюджет по бюджета на Министерството на регионалното развитие и благоустройството.