(1) Организацията на работа на министерството се осъществява по реда на правилника и инструкцията на министъра по чл. 91 от Закона за отбраната и въоръжените сили на Република България.
(2)(Изм. и доп. - ДВ, бр. 106 от 2018 г., в сила от 01.01.2019 г.) Административните звена в министерството осъществяват функциите си по компетентност, като формират интегрирана експертиза.
(3)(Доп. - ДВ, бр. 106 от 2018 г., в сила от 01.01.2019 г.) При необходимост ръководителите на административни звена организират създаването на работни групи за решаване на възникналите проблеми, чрез постоянния секретар на отбраната и директора на Щаба на отбраната.