Предприятието има клонове - териториални поделения, както следва:
- 1. пристанище Бургас с район на действие от географския паралел на българо-турската граница до географския паралел на нос Емине;
- 2. пристанище Варна с район на действие от географския паралел на нос Емине до географския паралел на българо-румънската граница;
- 3. пристанище Лом с район на действие от километър 645 до километър 845,650 от българския участък на река Дунав;
- 4. пристанище Русе с район на действие от километър 374,100 до километър 645 от българския участък на река Дунав.