Специализираната администрация е организирана в 3 дирекции:
- 1.(изм. - ДВ, бр. 15 от 2023 г.) дирекция "Разрешения и регистрация на лечебни заведения";
- 2.(изм. и доп. - ДВ, бр. 15 от 2023 г.) дирекция "Управление, координация и контрол на трансплантацията и асистираната репродукция";
- 3.(изм. - ДВ, бр. 15 от 2023 г.) дирекция "Контрол на медицинските дейности и права на пациентите".