(1) Агенцията е юридическо лице на бюджетна издръжка със седалище София.
(2) Агенцията се ръководи и се представлява от изпълнителен директор, който се подпомага от двама заместник изпълнителни директори. Изпълнителният директор е второстепенен разпоредител с бюджет по бюджета на Министерството на здравеопазването.