С извършването на одита се цели да се удостовери:
- 1. точността, верността и пълнотата на годишните сметки на одитираните функционални структури и на евро сметката;
- 2. адекватността на системите за управление и контрол на одитираните функционални структури по отношение на способността им да осигурят съответствие на разходите с условията по международните споразумения за получаване на средства от ЕС, по които Република България е страна;
- 3. удостоверяване на съществуването и коректността на националния съфинансиращ елемент.