Специализираната администрация е организирана във:
- 1. дирекция "Бюджет";
- 2. (изм. - ДВ, бр. 60 от 2022 г., в сила от 01.09.2022 г., изм. - ДВ, бр. 70 от 2022 г., в сила от 31.08.2022 г. (*), изм. - ДВ, бр. 82 от 2022 г., в сила от 01.11.2022 г., отм. - ДВ, бр. 63 от 2023 г., в сила от 01.08.2023 г.) 3. дирекция "Данъчна политика"; 4. дирекция "Държавни разходи"; 5. дирекция "Държавно съкровище"; 6. дирекция "Финанси на общините"; 7. дирекция "Държавен дълг"; 8. (изм. - ДВ, бр. 18 от 2019 г., в сила от 01.03.2019 г.) дирекция "Международни финансови институции"; 9. дирекция "Методология на контрола и вътрешен одит"; 10. дирекция "Регулация на финансовите пазари"; 11. (отм. - ДВ, бр. 60 от 2022 г., в сила от 01.09.2022 г., изм. - ДВ, бр. 70 от 2022 г., в сила от 31.08.2022 г. (*), отм. - ДВ, бр. 63 от 2023 г., в сила от 01.08.2023 г.) 12. дирекция "Национален фонд"; 13. (отм. - ДВ, бр. 29 от 2024 г., в сила от 01.04.2024 г., нова - ДВ, бр. 49 от 2024 г., в сила от 11.06.2024 г.) дирекция "Централизирано възлагане на обществени поръчки"; 14. дирекция "Правна"; 15. (отм. - ДВ, бр. 60 от 2022 г., в сила от 01.09.2022 г., изм. - ДВ, бр. 70 от 2022 г., в сила от 31.08.2022 г. (*)) дирекция "Съдебна защита"; 16. (нова - ДВ, бр. 60 от 2022 г., в сила от 01.09.2022 г., отм. - ДВ, бр. 70 от 2022 г., в сила от 31.08.2022 г. (*), нова - ДВ, бр. 63 от 2023 г., в сила от 01.08.2023 г.) дирекция "Европейски въпроси и политики"; 17. (нова - ДВ, бр. 60 от 2022 г., в сила от 01.09.2022 г., отм. - ДВ, бр. 70 от 2022 г., в сила от 31.08.2022 г. (*), нова - ДВ, бр. 63 от 2023 г., в сила от 01.08.2023 г., отм. - ДВ, бр. 64 от 2024 г., в сила от 01.09.2024 г.) 18. (нова - ДВ, бр. 63 от 2023 г., в сила от 01.08.2023 г., изм. - ДВ, бр. 64 от 2024 г., в сила от 01.08.2024 г.) дирекция "Стратегическо планиране и управление на капиталовите инвестиции, държавно участие и концесии".