(1) Агенцията се ръководи и представлява от изпълнителен директор. Договорът с изпълнителния директор се сключва, изменя и прекратява от министъра на електронното управление съгласувано с министър-председателя.
(2) В дейността си изпълнителният директор се подпомага от заместник изпълнителен директор.
(3) Трудовите правоотношения със заместник изпълнителния директор се сключват, изменят и прекратяват от изпълнителния директор съгласувано с министъра на електронното управление.
(4) Функциите на изпълнителния директор в негово отсъствие или когато ползва законоустановен отпуск, се изпълняват от заместник изпълнителния директор, а в случай на необходимост - от друг, определен с писмена заповед, служител на ръководна длъжност от Агенцията.