(1)(Изм. - ДВ, бр. 6 от 2012 г.) Всеки нов случай на нередност по програма САПАРД, Европейския земеделски фонд за развитие на селските райони, Европейския фонд за гарантиране на земеделието и Европейския фонд за рибарство се регистрира последователно в регистъра за нередности под поставен от Държавен фонд "Земеделие" национален идентификационен номер, определян по начин, указан във вътрешните правила за работа на Агенция САПАРД и Разплащателната агенция.
(2)(Изм. - ДВ, бр. 6 от 2012 г.) Всеки нов случай на нередност по Структурните фондове и Кохезионния фонд се регистрира последователно в регистъра за нередности под поставен от Управляващия орган определен национален идентификационен номер.
(3)(Изм. - ДВ, бр. 6 от 2012 г.) Всеки нов случай на нередност по програмите ФАР и ИСПА (КФ Регламент 1164/94) се вписва в регистъра за нередности под предоставен от дирекция АФКОС национален идентификационен номер.
(4)(Изм. - ДВ, бр. 5 от 2010 г., изм. - ДВ, бр. 90 от 2010 г., в сила от 16.11.2010 г., изм. - ДВ, бр. 7 от 2011 г., изм. - ДВ, бр. 6 от 2012 г., изм. - ДВ, бр. 24 от 2018 г., в сила от 16.03.2018 г.) Всеки нов случай на нередност по преходния финансов инструмент, частта за Шенген от Инструмента за подобряване на бюджетните парични потоци и за подпомагане изпълнението на Шенгенското споразумение (Инструмента Шенген), двустранните програми за трансгранично сътрудничество по вътрешните граници на ЕС между Република България - Република Гърция и Република България - Румъния за програмен период 2007 - 2013 г., двустранните програми за трансгранично сътрудничество по външните граници на ЕС между Република България - бивша Югославска република Македония, Република България - Република Сърбия и Република България - Република Турция за програмен период 2007 - 2013 г., Обща програма "Солидарност и управление на миграционните потоци", Фонд "Солидарност" на ЕС 2014 - 2020, многонационални и други програми, съфинансирани от бюджета на ЕС, се вписват в регистъра за нередности под национален идентификационен номер, поставен от структурите, администриращи европейски фондове, инструменти и програми.
(5)(Нова - ДВ, бр. 24 от 2018 г., в сила от 16.03.2018 г.) За всяка нова нередност по програмите по Фонд "Убежище, миграция и интеграция" 2014 - 2020 и Фонд "Вътрешна сигурност" 2014 - 2020 и Оперативна програма за храни и/или основно материално подпомагане 2014 - 2020 ИСУН 2020 генерира пореден национален идентификационен номер.