(1) Заместник изпълнителният директор подпомага изпълнителния директор при осъществяване на правомощията му.
(2) Заместник изпълнителният директор управлява и представлява агенцията в отсъствие на изпълнителния директор.
(3) Заместник изпълнителният директор упражнява правомощията по акредитация в предвидените от Закона за националната акредитация на органи за оценка на съответствието случаи.
(4) Заместник изпълнителният директор осъществява и други функции, възложени му със заповед на изпълнителния директор.