Контролът на дейността на военнополицейските формирования се осъществява чрез:
- 1. планови проверки по утвърден от директора на Службата план, съгласуван с командирите на видовете въоръжени сили;
- 2. инцидентни проверки по заповед на министъра на отбраната или на директора на Службата;
- 3. взаимно уведомяване за извършени нарушения от военнослужещи от военнополицейските формирования между директора на Службата и командирите на видовете въоръжени сили;
- 4. съгласуване с директора на Службата на заповедите за назначаване на началниците (командирите) на военнополицейските формирования.