Основните функции на съвета за координация на контрола са:
- 1. координация и планиране на контролните дейности на всички етапи на производството и търговията с храни, включително съвместни проверки от регионалните инспекции по опазване и контрол на общественото здраве и регионалните ветеринаромедицински служби в обектите за търговия на дребно, в които се предлагат храни от неживотински и от животински произход, и в заведенията за обществено хранене;
- 2. обмен на информация и съгласуване на процедурите за контролните дейности, извършвани самостоятелно от органите на държавния здравен контрол и държавния ветеринарно-санитарен контрол, както и от другите компетентни органи;
- 3. осъществяване на контакти с Европейската комисия и нейни структури по въпросите, свързани с официалния контрол върху храните;
- 4. осъществяване координация на дейността и взаимодействие с компетентните органи на държавите - членки на Европейския съюз;
- 5. утвърждаване на единния многогодишен национален контролен план и доклада до Европейската комисия по чл. 29ж от Закона за храните;
- 6. изготвяне на ежегоден анализ за ефективността на официалния контрол и предложения за подобряването му.