Органи на управление на НК "ЖИ" са:
- 1.(изм. - ДВ, бр. 88 от 2005 г., изм. - ДВ, бр. 81 от 2009 г., изм. - ДВ, бр. 81 от 2025 г.) министърът на транспорта и съобщенията;
- 2. управителният съвет;
- 3. генералният директор.