Организационната структура на ГДРВД включва:
- 1. централно управление, състоящо се от структурни единици - управления, отдели, експлоатационни звена и сектори на пряко подчинение;
- 2. центрове за управление на въздушното движение, състоящи се от експлоатационни звена, сектори, служби и обекти.