(1) Изпълнителният директор със заповед определя функциите на заместник изпълнителния директор. Той може да му делегира и свои правомощия в рамките на закона.
(2) При отсъствие на изпълнителния директор функциите му се изпълняват от заместник изпълнителния директор на основание на писмена заповед, а в негово отсъствие - от определен с писмена заповед на изпълнителния директор за всеки конкретен случай и срок на отсъствието служител на ръководна длъжност в Агенцията.