(1)(Изм. - ДВ, бр. 110 от 2013 г., в сила от 21.12.2013 г., изм. - ДВ, бр. 25 от 2015 г., в сила от 01.01.2016 г.) Председателят на агенцията е второстепенен разпоредител с бюджет по бюджета на Министерския съвет.
(2)(Изм. - ДВ, бр. 110 от 2013 г., в сила от 21.12.2013 г.) Получените дарения и помощи, както и средствата по международни и национални програми, проекти и споразумения постъпват в агенцията по реда на Закона за публичните финанси.