(1) Ръководството на НМКЦ се осъществява от директор, който заема длъжността въз основа на конкурс, обявен от министъра на здравеопазването.
(2) Трудовият договор с директора се сключва от министъра на здравеопазването.
(3) Директорът:
- 1. ръководи, организира и контролира цялостната дейност на НМКЦ и го представлява пред трети лица;
- 2. сключва договори, свързани с осъществяването на дейността на НМКЦ, и взема решения за провеждане на процедури за възлагане на обществени поръчки, свързани с дейността на НМКЦ, при условията и по реда на Закона за обществените поръчки;
- 3. е работодател на всички служители на НМКЦ;
- 4. се разпорежда със средствата, предоставени от бюджета и други източници, и носи отговорност за тяхното управление и за законосъобразното и целесъобразното им разходване;
- 5. утвърждава правилници, инструкции и други вътрешноведомствени актове, свързани с дейността на НМКЦ;
- 6. при възлагане от министъра на здравеопазването подготвя проект на бюджет на НМКЦ;
- 7. ежегодно до 30 март представя на министъра на здравеопазването доклад за дейността на НМКЦ и отчет за изпълнението на неговия бюджет;
- 8. осъществява и други дейности по управлението на центъра.
(4) Дейността на директора се подпомага от директорски съвет, който включва:
- 1. заместник-директор;
- 2. началниците на отдели;
- 3. главен юрисконсулт;
- 4. главен счетоводител.
(5) Дейността на НМКЦ се осъществява по предварително разработен годишен план, приет на заседание на директорския съвет.